従来のがんばれゴエモンシリーズとは世界観・設定を一新し、全く違う視点から物語が描かれている。主要キャラクターデザインこそ従来とほぼ同じであるが、作風は他のシリーズ作品のようなギャグ・コメディ感は薄く、少年が冒険する純朴な和風ファンタジーといった趣きになっている。ストーリー性が強化され、建造物などのダンジョンでの謎解き要素なども加わった。大江戸時代と古代日本を舞台として、古代帝国の野望から大江戸を守るため日本各地を巡る冒険活劇が繰り広げられる。